A Flauta de Bisel terá sido desenvolvida a partir de antigos instrumentos de sopro que ainda hoje podem ser encontrados em diversas partes da Europa.
As Flautas de Bisel mais antigas que conhecemos são medievais: as chamadas Flautas de Bisel de Dordrecht (de meados do século XIII) e  de Gottingen (datada do século XIV).
No século XV foram criados novos modelos em diversos tamanhos e afinações para que os músicos pudessem tocar repertório para Consort (grupo de instrumentos da mesma família). A Flauta de Bisel renascentista alcançou o seu auge em meados do século XVI.
Durante o século XVII a Flauta de Bisel foi mais usada como instrumento solista.
No período Barroco, a Flauta de Bisel atingiu o seu apogeu. Grandes músicos como Vivaldi, Telemann e Handel compuseram obras especialmente para serem executadas na Flauta de Bisel, tanto no âmbito da Música de Câmara como da Orquestra de Câmara e solista e da música vocal.

A partir da segunda metade do século XVIII foram criados novos instrumentos musicais,  aumentou-se o tamanho das salas de espetáculo e aumentou-se o número de elementos da Orquestra.  Os compositores passaram a procurar essas novas sonoridades e instrumentos com maiores recursos de dinâmica e de intensidade. Assim, decresceu temporariamente o interesse dos compositores e dos músicos profissionais por alguns instrumentos históricos com sonoridade intimista como a Flauta de Bisel, o Cravo, o Alaúde e a Viola da Gamba. Estes instrumentos continuaram a ser tocados por alguns músicos amadores durante este interregno da História da Música.

No século XX ressurgiu o interesse pelo repertório e pelos instrumentos ligados à Música Antiga (até ao Barroco) pelo que a Flauta de Bisel voltou a ser estudada e reconhecida internacionalmente. O ressurgimento do interesse sério e académico pela Flauta de Bisel por parte de músicos profissionais,  de compositores, de estudantes de música e de editores levou a que esta voltasse a ter grande relevância no âmbito da música erudita, principalmente a partir da segunda metade do século XX (inspirados pelo icónico flautista Frans Bruggen).
Em paralelo, foi criada uma adaptação Orff da Flauta de Bisel construída num material durável e económico (resina) e assim fomentado o contacto de muitas crianças no mundo inteiro com este instrumento, através do sistema de ensino generalizado. Os estudantes de Flauta de Bisel do Ensino Especializado de Música bem como  os músicos profissionais não tocam nestas Flautas de Bisel Orff mas sim em cópias de Flautas de Bisel históricas (medievais, renascentistas e barrocas) e em Flautas de Bisel de design contemporâneo.